В работе представлены разные способы графической интерпретации терминов генной онтологии (GO) для небольшого протеома из 20-ти белков с высокой осмотической активностью (ОАБ) из сыворотки крови атлантической трески Gadus morhua. Анализ терминов проводили двумя способами: 1) с помощью пакета topGO [v2.46.0, Alexa & Rahnenfuhrer, 2021], а визуализацию — с помощью пакета ggplot2; 2) с помощью базы данных UniProt и графическая визуализация результатов в Excel 2016. Полученные результаты показали, что основную часть ОАБ трески составляют внеклеточные “истинные” белки плазмы, среди которых идентифицированы фетуин, гемопексин и аполипопротеины. ОАБ задействованы в биологических процессах кроветворения, протеолиза и развития, а также регуляции обменных процессов. Их молекулярные функции включают транспорт, гидролазную активность и ингибирование протеиназной активности. При использовании пакетов topGO и ggplot2 программный код не смог корректно графически отобразить все полученные данные из-за небольшой выборки белков. Обработка данных через DB UniProt дает корректное представление о функциях и участию белков в биологических процессах.
атлантическая треска, сыворотка крови, осмотически активные белки, электрофорез, MALDI, генная онтология, биоинформатика
1. Базарова З.М., Торопыгин И.Ю., Васильев А.С. и др. Поиск и идентификация осмотически активных белков в сыворотке крови атлантической трески Gadus morhua // Труды Института биологии внутренних вод им. И.Д. Папанина РАН, 2022. Вып. 99(102). С. 88–92. DOI:https://doi.org/10.47021/0320-3557-2022-88-92.
2. Alexa A., Rahnenfuhrer J. (2021) Gene set enrichment analysis with topGO // http://www.mpi-sb.mpg.de/∼alexa
3. Anderson N.L., Polanski M., Pieper R. et al. The human plasma proteome: a nonredundant list developed by combination of four separate sources // Molecular & Cellular Proteomics. 2004. Vol. 3. P. 311–326. DOI:https://doi.org/10.1074/mcp.M300127-MCP200.
4. Andreeva A.M. Structural Organization of Plasma Proteins as a Factor of Capillary Filtration in Pisces // Inland Water Biology. 2020. Vol. 13. № 4. P. 664–673. DOI:https://doi.org/10.1134/S1995082920060036.
5. Andreeva A.M., Bazarova Z.M., Toropygin I.Yu. et al. Serum Osmotically Active Proteins in the Atlantic Cod Gadus morhua // Journal of Evolutionary Biochemistry and Physiology. 2023. Vol. 59. P. 325–336. DOI:https://doi.org/10.31857/S004445292302002X.
6. Bohne-Kjersem A., Skadsheim A., Goksоyr A., Grоsvik B.E. Candidate biomarker discovery in plasma of juvenile cod (Gadus morhua) exposed to crude North Sea oil, alkyl phenols and polycyclic aromatic hydrocarbons (PAHs) // Marine Environmental Research. 2009. Vol. 68(5), Iss. 5. P. 268–277. DOI:https://doi.org/10.1016/j.marenvres.2009.06.016.
7. Concha M.I., Smith V.J., Castro K. et al. Apolipoproteins AI and A-II are potentially important effectors of innate immunity in the teleost fish Cyprinus carpio // European journal of biochemistry. 2004. Vol. 271, Iss. 14. P. 2984–2990. DOI:https://doi.org/10.1111/j.1432-1033.2004.04228.x.
8. He Y., Yu H., Zhao H. et al. Transcriptomic analysis to elucidate the effects of high stocking density on grass carp (Ctenopharyngodon idella) // BMC Genomics. 2021. Vol. 22. 620. DOI:https://doi.org/10.1186/s12864-021-07924-4.
9. Kaneko K., Nishii S., Izumi Y. et al. Proteomic Analysis after Sequential Extraction of Matrix Proteinsin Urinary Stones Composed of Calcium Oxalate Monohydrate and Calcium Oxalate Dihydrate // Analytical Sciences. 2015. Vol. 31(9). P. 935–942. DOI:https://doi.org/10.2116/analsci.31.935.
10. Liu M., Yan X., Zhang M., Li X., Li S., Jing M. Influence of Human Papillomavirus Infection on the Natural History of Cervical Intraepithelial Neoplasia 1: A Meta-Analysis // BioMed Research International. 2017. Vol. 2017. 8971059. DOI:https://doi.org/10.1155/2017/8971059.
11. Noel E.S., Reis M., Arai Z., Ober E.A. Analysis of the Albumin/α-Fetoprotein/Afamin/Group specific component gene family in the context of zebrafish liver differentiation // Gene Expression Patterns. 2010. Vol. 10(6). P. 237–243. DOI:https://doi.org/10.1016/j.gep.2010.05.002.
12. Tang T., Huang Y., Peng C., Liao Y., Lv Y., Shi Q., Gao B. A Chromosome-Level Genome Assembly of the Reef Stonefish (Synanceia verrucosa) Provides Novel Insights into Stonustoxin (sntx) Genes // Molecular Biology and Evolution. 2023. Vol. 40(10). msad215. DOI:https://doi.org/10.1093/molbev/msad215.
13. Электронный ресурс. URL: http://www.springer.com/series/6991
14. Электронный ресурс. URL: http://eggnog-mapper.embl.de/
15. Электронный ресурс. URL: http://www.matrixscience.com
16. Электронный ресурс. URL: https://vniiz.org/science/publication/article-383/conf90-article-17
17. Электронный ресурс. URL: https://www.codecamp.ru/blog/kolmogorov-smirnov-test-r/
18. Электронный ресурс. URL: https://r-statistics.co/Top50-Ggplot2-Visualizations-MasterList-R-Code.html
