С использованием масс-спектрометрии MALDI TOF/TOF идентифицированы сайты гидролиза белков β-литической металлопротеиназой выделенной из бактерий Lysobacter capsici, штамм ВКМ 2533Т и определена молекулярная специфичность этого фермента. Анализ продуктов гидролиза восьми белков (миоглобина, трех цепей казеина, гемоглобина, овальбумина, овомукоида, бычьего сывороточного альбумина и енолазы 2 дрозофилы) позволил выявить специфичность β-литической протеазы Lysobacter capsici к гидролизу пептидных связей по карбоксильным группам глицина, лизина, аланина, фенилаланина, серина, аспарагиновой кислоты, треонина, валина, глутаминовой кислоты, гистидина, аргинина и цистеина. Наиболее часто гидролизуемыми аминокислотами оказались глицин и аланин, что может быть связано с их малыми размерами и высокой доступностью для активного центра фермента. При этом наличие дополнительных сайтов гидролиза, таких как треонин, при гидролизе белков в ПААГ, но не в растворе, указывает на влияние конформации белка на доступность определенных участков для фермента. Сравнение результатов гидролиза белков в растворе и в ПААГ показало, что денатурация белков при электрофорезе может влиять на доступность сайтов гидролиза. Например, при гидролизе миоглобина в геле был обнаружен дополнительный сайт гидролиза по треонину, который отсутствовал при гидролизе в растворе. Это подтверждает, что конформационные изменения белков, вызванные денатурацией, могут существенно влиять на специфичность протеолиза.
Using MALDI TOF/TOF mass spectrometry, the sites hydrolysis of proteins by β-lytic metalloproteinase from Lysobacter capsici, strain VKM 2533T bacteria were identified and the molecular specificity of this enzyme was determined. Analysis of the hydrolysis products of eight proteins (myoglobin, three chains of casein, hemoglobin, ovalbumin, ovomucoid, bovine serum albumin, and Drosophila enolase 2) revealed the specificity of Lysobacter capsici β-lytic protease to hydrolyze peptide bonds at the carboxyl groups of glycine, lysine, alanine, phenylalanine, serine, asparagic acid, threonine, valine, glutamic acid, histidine, arginine, and cysteine. The most frequently hydrolyzed amino acids were glycine and alanine, which may be due to their small size and high accessibility to the active center of the enzyme. At the same time, the presence of additional hydrolysis sites, such as threonine, in the hydrolysis of proteins in PAAG, but not in solution, indicates the influence of protein conformation on the availability of certain sites for the enzyme. Comparison of the results of protein hydrolysis in solution and in PAAG showed that protein denaturation during electrophoresis can affect the accessibility of hydrolysis sites. For example, hydrolysis of myoglobin in gel revealed an additional threonine hydrolysis site, which was absent when hydrolyzed in solution. This confirms that protein conformational changes caused by denaturation can significantly affect the specificity of proteolysis.